As illas Cíes foron chamadas, na antigüidade, Sic cae (áridas). Nelas atopáronse restos arqueolóxicos que datan a presenza humana sobre o 3500 a.C. Porén, os restos do primeiro asentamento humano, dos cales se ten constancia, son dun castro de comezos da Idade de Ferro.

Os romanos pasaron por estas illas e deixaron nelas restos como un anel de ouro -do século II d.C.-, así como ánforas, cerámica e diversos útiles que actualmente se expoñen no Museo de Pontevedra.

Na Idade Media...

As Cíes foron habitadas por monxes de diversas ordes. Os beneditinos estiveron alí no século XI, abandonáronas e volveron a finais do século XIII. No século XIV asentáronse nelas os franciscanos. A orde de Cluny tamén pasou por alí. Destas sucesivas ocupacións das illas quedaron como probas os mosteiros de Santo Estevo -na Illa do Faro- e de San Martiño -na illa deste nome- así como unha fábrica de salgadura, sobre cuxos restos se construíu un restaurante. As idas e voltas dos monxes debíanse aos continuos ataques que sufría o arquipélago -en gran parte pola súa proximidade á cidade de Vigo- por parte de piratas turcos e normandos, e tamén de armadas invasoras (como por exemplo a armada inglesa, comandada por Francis Drake) que logo utilizaban as illas como base de operacións. Esta situación prolongouse ata o século XVIII, e isto acabará co despoboamento do arquipélago.

A mediados do século XIX...

Constrúese o primeiro faro na illa do Medio (illa do Faro). Por esas datas, as illas vólvense poboar con algunhas familias que se dedican á pesca e á gandería ovina e caprina.

No século XX...

Nos anos 60 as illas despobóanse definitivamente. A partir dos 70 e 80 a xente comeza a acudir ao arquipélago para gozar das praias, do sol, da natureza, etc.