Las Islas Cíes fueron llamadas, en la antigüedad, Siccae (áridas). En ellas se han encontrado restos arqueológicos que datan la presencia humana sobre el 3500 a.C. Sin embargo, los restos del primer asentamiento humano, del cual se tiene constancia, son un castro de comienzos de la Edad de Hierro.

Los romanos pasaron por estas Islas y dejaron en ellas restos como un anillo de oro -del siglo II d.C.-, así como ánforas, cerámica y diversos útiles que actualmente se exponen en el Museo de Pontevedra.

En la Edad Media..

Las Cíes fueron habitadas por monjes de diversas órdenes. Los benedictinos estuvieron allí en el siglo XI, las abandonaron y volvieron a finales del siglo XIII. En el siglo XIV se asentaron en ellas los franciscanos. La Orden de Cluny también pasó por allí. De estas sucesivas ocupaciones de las islas quedaron como pruebas los monasterios de San Estevo -en la Isla de O Faro- y de San Martiño -en la isla de su nombre- así como una fábrica de salazón, sobre cuyos restos se ha construido un restaurante. Las idas y venidas de los monjes se debían a los continuos ataques que sufría el archipiélago -en gran parte por su cercanía a la ciudad de Vigo- por parte de piratas turcos y normandos, y también de armadas invasoras (como por ejemplo la armada inglesa, comandada por Francis Drake) que luego utilizaban las islas como base de operaciones. Esta situación se prolonga hasta el siglo XVIII, y esto acabará con el despoblamiento del archipiélago.

A mediados del siglo XIX..

Se construye el primer faro en la Isla de O Medio (Isla de O Faro). Por esas fechas, las islas se vuelven a poblar con algunas familias que se dedican a la pesca y a la ganadería ovina y caprina.

En el siglo XX..

En los años 60 las islas se despueblan definitivamente. A partir de los 70 y 80 la gente empieza a acudir al archipiélago para disfrutar de las playas, el sol, la naturaleza, etc.